밀교의 역사를 고찰해볼때 그렇게 단순하게 말할 수 없겠지만 석존의 가르침 속에는 이미 소밀교의 요소가 있었다는 것은 앞에서도 말한 바 있다. 밀교의 가장 큰 특징이라할 수 있는 주술적 요소를 생각해볼때 20세기의 오늘날의 우리 들에게 있어서는 주술이라하면 전근대적인 것이고 별로 가치가 없는 잘라 없애버려도 좋은 것이 아닐까하고 생각할 수 있을 것이다.

밀교는 그러한 주술적 요소를 내포하고 있기 때문에 전근대적이며 타락된 종교라고 오해 하는 사람도 있다. 그러나 동서를 막론하고 고대인에 있어서는 주술은 곧 과학이라는 것이다. 과학과 종교는 일체이며, 동일한 기반에서 시작된 것이다.

서구의 역사를 보면 서구에서는 중세에 이르러 비로소 이것들이 둘로 명확히 분리하게 되었던 것이다. 과학과 주술이 동일한 것이라고 하면 이상하게 생각할 지 모르나 이 두 개가 모두 연금술에서 시작되었다는 것이다. 

고대인에게 있어서는 동일한 방법으로 반복하면 동일한 결과가 나타나는 과학의 방법과 주술의 방법은 꼭 같다고 생각 하였던 것이다. 과학을 뜻하는 말로서 “바디야”라는 낱말이 있다. 

그런데 주(呪) 또는 주술도 역시 같은"바디야"로서 표시되고 있으며 인도에서는 오명이라는 것이 있다. 오명이란 성명, 공교명, 의방명, 인명, 내명의 5가지의 학문을 구별하여 말한 것인데 이 경우의 명은 학문을 뜻하는 것이다. 여기에서 또한 흥미있는 것은 이 낱말이 “과학" “학문’’의 뜻 이외에도 주문의 주(呪) 라는 뜻도 있는 것이다. 

이것을 불전에서는 명주 라고 번역하고 있다. 명(明) 은 학문, 과학을 뜻하며 주(呪) 는 주술을 뜻하는 것이나, 이 둘을 본래 동일한 것이었다는 것을 "바디야"라는 낱말로 표시되는 것을 보더라도 과학과 주술은 동일한 것으로 인식 표현되고 있음을 알 수 있다. 

밀교경전을 보면 천문학, 수학까지도 다 내포되어있으며 당시의 과학과 주술이 다함께 경전속에 서술되고 있다. 

반면 서구의 역사는 종교와 과학의 구분이 확실히 되어있는 것 을 알 수 있다. (갈릴레오 갈릴레이） 그 유명한 종교재판 법정어서 “그래도 지구는 돌고 있다"라고 말한 것과 같이 일찍부터 교회와 과학이 엄격히 구분되어 있었다. 그러나 동양에서는 근세에 이르기까지도 이것이 일체가 되어 주술도 되고 과학도 되며 종교도 되는 그러한 형태로서 종교가 전개되어 왔던 것이다. 당대 진언밀교의 거장의 한 분이신 일행선사도 뛰어난 천문학자였던 것이다. 중국에서는 일행선사를 화상으로서 보다는 대단히 정도가 높은 역서를 찬숭한 천문학자로서 평가되고 있다.  현대일들이 볼때에는 매우 이상한 생각이 들지도 모르지만 고대에서 중세에 이르기까지는 종교인이 ㅗㄷ 과학자라는 것은 조금도 이상한 것이 아니었다. 

현대인이 생각하고 있는 것과 같은 종교와 과학, 주술의 세 가지를 분명히 구분하는 사고가 원래 없었던 것이다. 그때의 주술이라는 것은 현대인의 가치기준에서 ‘그런 것들은 현대적이 아니니까 가치가 없다’라고 하는 그런 주술이 아니고 고대인에 있어서는 일상생활 바로 그것이었다고 할 수 있다.