불교 총지종의 종헌에 따르면 종단을 구성하는 여러 위원회가 있 다. 총지종 행정의 전반을 통리하기 위한 통리원을 두고 통리원 산, 하에 총무부 교정부 재무부 사회부로 나뉘어 행정을 담당하고 있다.

종헌 종법의 심의와 중요인사 추천 및 임면과 예결산심의를 담당 하는 원의회, 국가의 국회기능을 담당하는 종의회가 있으며 종단의 최고 감찰기관인 사감원과 종단의 외지선교 및 국내사원건축을 목적으로 전당건설위원회등이 있다.

특히 국회의 기능을 담당하는 종의회와 종단의 최고 감찰기관인 사감원의 활동은 종단행정력의 견제와 감시를 담당하는 중요한 위치를 담당하고 있다. 그러나 종의회와 사감원의 활동은 중요한 위치를 담당함에도 불구하고 활동력은 극히 미진하게 나타나고 있다.

특히 사감원은 종단의 회계감사와 사업감사를 통한 종단행정의 감찰을 담당하고 있음에도 사감원장의 공석으로 형식적인 감사수준을 벗어나지 못하고 있다. 이번 정기감사에서도 3부서의 1년 감사를 단시간에 형식적으로 감사하는 모습을 보면서 참으로 안타까운 생각이 든다.

종의회 또한 마찬가지다. 17명의 종의회 의원들은 종단 집행부가 추진하고 계획한 일들을 보고 받고 그 사업의 타당성을 검토하고 또한 종헌 종법의 개정 및 개선방안에 대한 다양한 의견을 개진해야 한다. 그러나 현실적인 어려움과 집행부가 알아서 하겠지 하는 타성이 각 위원회의 발목을 잡고 있다. 종단의 흥함은 종단을 구성하는 다양한 위원회가 활성화 되고 유기적인 관계가 설정되었을 때 조직의 생명력이 담보된다