종단 개혁의 과제들이 산적해 있다. 종무원 선발과 처우 개선 역시 주요한 종단 개혁 과제 가운데 하나이다. 총지종은 통리원을 중심으로한 중앙집권화된 조직을 가지고 있는 만큼 종무원들이 해야 할 일이 많다. 종무원들이 제 창의적인 사고를 바탕으로 적극적인 역할을 한다면 종단의 발전에 큰 기여를 할 수 있다. 그러나 현재 총지종의 종무원들은 기존의 관습적인 업무를 관성적으로 처리하는 데서 벗어나지 못하고 있다. 현재의 종무원들만으로는 정체된 종단의 현실을 타개하고 미래 지향적인 종단을 꾸려 나갈 수 없는 것이 현실이다.

종단은 하루속히 유능한 종무원 선발을 통하여 경쟁력 있는 종단행정을 갖추어야 한다. 이를 위해서는 재정적인 문제가 따르겠지만 우선 종무원들의 보수를 현실화해야 한다. 종무원들의 급여는 사회의 평균적 임금의 절반에도 못 미치는 실정이다. 현재의 종무원보수로는 경력이 오래된 종무원들의 보수로도 생계를 꾸릴 수 없는 것이 현실이다. 신참 종무원들의 경우는 종무원 자신의 생활비도 모자라는 형편이다. 이러한 보수로는 유능한 종무원을 선발할 수도 없고, 계속 종단에 남 아있게 할 수도 없다. 종무원들의 급여 현실화와 동시에 종무원 임금의 능력별 차등화를 실시하여야 한다. 현재 종무원들의 급여 및 복지체계는 능력에 따른 차등을 두지 않고, 혼인, 자녀 여부에 따라 차등을 두고 있다. 그 결과 상대적으로 유능하고 하는 일이 많은 종무원이 그렇지 못한 종무원보다 도리어 급여 및 복지 혜택을 덜 받는 경우가 있다. 하루빨리 종무원 선발 및 급여 체계를 대대적으로 수술하여 경쟁력 있는 종단행정 체제를 갖추어서 교세 발전을 이루어야 한다.